福建社会科学院是福建省唯一综合性社会科学研究机构。福建省曾于1960年7月成立中国科学院福建分院哲学社会科学学部，该学部于1962年撤销。1978年2月重建福建省哲学社会科学研究所。1982年4月改称福建社会科学院至今。

目前全院共有内设机构17个。其中，职能机构5个：办公室、人事处、科研组织处、对外合作处、机关党委；研究机构10个：经济、亚太经济、华侨华人、现代台湾、文学、历史、哲学、社会学、法学、精神文明研究所；图书出版机构2个：《福建论坛》杂志社、文献信息中心。设有中国特色社会主义理论体系研究中心、中国与海上丝绸之路研究中心、福建自贸区发展研究中心、马克思主义文艺理论与批评研究中心、福建省红色文化研究中心、福建社会科学院舆情研究中心等多个研究中心和两岸关系理论福建研究基地。2个直属事业单位：海峡文化研究中心，福建社科院?中国社科院哲学研究所宋明理学研究中心。编辑出版4种杂志：《福建论坛?人文社会科学版》（月刊）、《学术评论》（双月刊）、《亚太经济》（双月刊）、《现代台湾研究》（双月刊）。除此之外，还编有《福建社会科学院专报》，以及《台情要报》等内刊。

全院目前有办公和科研用房15000多平方米。文献信息中心馆藏文献资料约30万册，订有国内外报刊约600种。其中以台湾为主的境外华文报刊约400种，台版图书文献约10万册，建成福建省台湾文献信息中心人文社科馆。购买中国知网、国研网、超星数字图书馆、超星发现系统、百链云图书馆、人大复印报刊资料全文数据库、两岸关系数据库等多种国内学术数据库信息服务。建立并开通了福建社会科学院网站。

我院坚持以马克思列宁主义、毛泽东思想、邓小平理论、“三个代表”重要思想、科学发展观、习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，深入贯彻落实习近平总书记系列重要讲话精神和党的十九大报告精神，在哲学社会科学领域进行基础理论研究、应用、对策研究和决策咨询服务，注重从福建实际出发，为领导决策服务、为经济社会发展服务，为实现祖国统一大业服务。围绕建设有中国特色社会主义总课题，加强有福建特色的台湾、华侨等问题研究，逐步形成自己的研究优势，在某些学科和研究领域达到全国先进水平。除承担一定数量的国家、省社会科学规划研究项目外，同时承担省委、省政府调研课题和有关部门委托的重大理论和实际问题，并根据实际需要和各学科优势，研究确定院重点课题和所重点课题。