中国科学院分子植物科学卓越创新中心（简称“分子植物卓越中心”，下同）是基于植物生理生态研究所而新建的实体化运作的四类机构，自2020年3月16日起成为中国科学院直属的独立事业法人科研机构。植物生理生态研究所系由原中国科学院上海植物生理研究所与原中国科学院上海昆虫研究所于1999年5月19日整合而成。2016年，植物生理生态研究所依托分子植物卓越中心，设立中国科学院直属科研机构。中国科学院上海植物逆境生物学研究中心纳入分子植物卓越中心统一管理，中国科学院上海辰山植物科学研究中心作为中国科学院与上海市共建研究单元依托分子植物卓越中心管理。

分子植物卓越中心按照“三个面向”、“四个率先”战略要求，围绕国家重大需求，瞄准世界科技前沿，提升原始创新能力，引领高水平学科交叉，凝聚一流创新人才，努力建设成为国际一流的创新型研究机构。

　　分子植物卓越中心将聚焦植物遗传、发育、生理及其与环境互作的重大基础科学问题及科技前沿，开展原创性、系统性的基础和应用基础研究，为现代农业、生态环境和人民健康服务。按照“一体两翼”（以分子植物科学为主体，促进与昆虫科学和合成生物学为两翼的交叉研究）的学科建设模式，全力巩固、发展各自学科优势与特色，推进交叉集成、联合攻关，进一步充实提升已有优势领域，形成了更加有效地服务于发展战略定位、核心竞争力更加突出的创新团队。

　　截至2019年底，分子植物卓越中心共有在职职工419人。其中科技人员284人、科技支撑人员52人，包括中国科学院院士8人、美国科学院院士1人、发展中国家科学院院士4人、研究员及正高级工程技术人员89人、副研究员及高级工程技术人员76人；全所进入创新岗位336人。现有在学研究生623人（其中硕士生217人、博士生406人），在站博士后103人。

　　2019年，分子植物卓越中心以谋划和组织重大科研项目为抓手，积极承担国家各部委、地方政府及企事业单位各类科技任务，促进重大科技创新成果产出。共发表SCI研究论文255篇，包括Nature、Nat Plants、Mol Plant、Plant Cell 、Mol Cell、Cell Res、EMBO J、PNAS、Nat Commun、PLoS Gene、Nucleic Acids Res、Metab Eng等国际重要学术期刊。在植物非生物胁迫应答的分子机制方面发现新的生长素-TMK1-IAA32/34信号通路（Nature, 2019）；继连续在Nature Genetics和Nature发表重要进展后，2019年度进一步揭示了植物胚胎“春化记忆”重置路径进而调控植物开花的机制（Nat Plants, 2019；Plant Commun, 2019）；在水稻广谱抗瘟抗病性的分子机制解析方面持续取得重要进展，继2017年成果发表于Science并入选“2017年度中国生命科学十大进展”后2019年团队又全面揭示水稻广谱抗瘟新基因Pigm赋予对稻瘟病真菌广谱抗性的抗病分子机制（Mol Cell, 2019）。目前，持续的研究成果已被40多家单位应用于抗病分子育种，有多个广谱抗病新品种进行审定和大面积推广，累计推广面积已达到2000万亩，具有巨大的应用潜力；开发了一种新的数量性状定位方法，为作物杂种优势育种和品种改良提供了新的策略（Nat Commun, 2019）；聚焦玉米籽粒品质性状发育的重要生物学问题，揭示玉米籽粒中储藏蛋白分配的调控机制（Plant Cell, 2019）及解析了马达驱动蛋白在玉米胚乳发育中的关键作用（Plant Cell, 2019）；进一步系统地、深入的发展了植物基因编辑技术，为基因功能研究和品种改良提供了技术保障（Mol Plant, 1篇；Plant Biotechnol J, 3篇；2019）；“黄金谷物”藜麦首次成功实现了在喀什地区的规模化试种，品种示范种植效果显著。全年承担在研项目413项，新增专利申请50件，新增授权专利20件，签订技术合同共96项。

　　2019年度获得谈家桢生命科学成就奖1项，获得中国载人航天工程突出贡献集体奖1项。

　　研究所“一三五”战略规划 

　　一个基本定位： 

　　聚焦植物遗传、发育、生理及其与环境互作的重大基础科学问题及科技前沿，开展原创性、系统性的基础和应用基础研究，建设成为国际一流的植物分子科学研究中心，为现代农业、生态环境和人民健康服务。 

　　三项重要突破： 

　　作物复杂性状的遗传基础 

　　植物环境胁迫与抗逆应答的分子机理

　　植物物质和能量代谢调控

　　五个重点培育方向： 

　　植物生长发育的分子机理

　　植物表观遗传调控机制研究

　　昆虫-微生物-植物分子互作

　　昆虫发育与环境适应的分子机制

　　人工合成生物与先进生物制造