新疆第二医学院前身为新疆医科大学厚博学院，创办于2003年，2015年整体迁建至克拉玛依市。2020年11月通过第七届全国高等学校设置评议委员会专家考察和评议。2021年1月国家教育部正式批准转设为新疆第二医学院，为自治区直属的公办本科院校。

目前，学院面向新疆、河北、四川、辽宁、浙江、广州等21个省、市、自治区招生，开设有临床医学、口腔医学、中西医临床医学、麻醉学、护理学、药学、卫生检验与检疫、医学检验技术等11个专业。建有临床教学楼、基础教学楼、实验教学楼、教师专家公寓、青年公寓、体育场、综合服务楼等，配套设施功能齐全，校园环境优美。