1924年，新疆大学的前身——新疆俄文法政专门学校创立，拉开了新疆高等教育的序幕。

1935年，学校改建为新疆学院。抗日战争期间，俞秀松、林基路等一批共产党人和文学家茅盾、哲学家张仲实、艺术家赵丹等一批进步人士来校任教，提出了“以民族为形式，以马列为内容”的教育思想，掀起了轰轰烈烈的抗日救国宣传活动，学校被誉为“抗大第二”。

1950年，新疆省人民政府将原省语文学院并入新疆学院，并将新疆学院更名为新疆民族学院。1954年，将新疆民族学院复名为新疆学院。

1955年，高等教育部部长杨秀峰到新疆学院视察工作时，指示以新疆学院为基础筹建新疆大学。1959年5月，高等教育部决定由北京大学、清华大学、西北大学等院校支援新疆大学的成立工作。1960年，新疆大学正式成立，学校跨入了新的发展时期。

1978年，学校被国务院确定为全国第一批88所重点高等院校之一，16所综合性重点大学之一。1997年，学校被列入国家首批“211工程”重点建设高校。

2000年，新疆大学与原新疆工学院合并组建新的新疆大学。原新疆工学院的前身是1953年中苏共同创办的中苏有色金属公司矿山技术学校，1954年，苏联将学校股份移交我国，学校改为自办，更名为乌鲁木齐矿业学校。1958年建成新疆矿冶学院，隶属冶金工业部，1966年更名为新疆工学院。

2004年，学校成为新疆维吾尔自治区人民政府、教育部“区部共建”高校。2012年，学校被列为国家“中西部高校综合实力提升工程”建设高校。

2017年，进入全国首批42所一流大学建设高校行列。2018年，确定为教育部与新疆维吾尔自治区人民政府“部区合建”高校。

学校现有哲学、经济学、法学、文学、历史学、理学、工学、管理学、艺术学九个学科门类，涵盖了高级专门人才培养和科学研究的主要领域。现有3个国家双一流建设学科（马克思主义理论、化学、计算机科学与技术）、3个自治区“十四五”优势学科振兴工程建设学科（数学、中国语言文学和机械工程），6个自治区“十四五”特色学科创新工程建设学科（法学、地理学、生物学、生态学、电气工程和化学工程与技术）；4个学科（化学、工程学、材料学、环境与生态学）进入ESI全球前1%。有14个博士学位授权一级学科、1个工程博士专业学位授权类别，36个硕士学位授权一级学科、18个硕士专业学位授权类别，12个博士后科研流动站。学校现有95个本科专业，74个本科招生专业；38个国家级一流本科专业建设点，15个自治区级一流本科专业建设点。

学校现有专任教师2041人，具有高级职称专任教师1020人，具有博士学位教师1005人。现有中国工程院院士1名，入选国家级人才项目21人，“全国高校黄大年式教师团队”1个，教育部“新世纪优秀人才支持计划”8人，中宣部文化名家暨四个一批（宣传思想文化青年英才）1人。自治区突出贡献优秀专家17人，自治区文化名家暨“四个一批”人才和文化产业领军人才6人，自治区“国家高层次人才特殊支持计划”后备人选13人。

学校现有理工类省部级以上科研平台（团队）47个，其中，科技部省部共建国家重点实验室1个，省部共建国家重点实验室培育基地1个；国际科技合作研究基地1个；教育部省部共建协同创新中心1个，教育部重点实验室3个；自治区重点实验室14个；教育部工程研究中心2个、信息技术研究中心1个，自治区工程技术研究中心6个，自治区人民政府研究中心1个；教育部野外科学观测研究站1个；科技部重点领域创新团队1个，教育部创新团队4个，自治区天山创新团队10个。

五年来，承担国家重大重点科研项目40项，年度科研经费由1.14亿元增长到3.05亿元，年均增长率达20%以上。获国家科学技术进步奖二等奖1项、“何梁何利基金科学与技术创新奖”1项、第二届全国创新争先奖1项；获省部级科研奖励134项。学校入选首批“高等学校科技成果转化和技术转移基地”。