武汉大学水工程科学研究院（Institute of Water Engineering Sciences, Wuhan University）成立于2021年1月，为武汉大学独立运行科研机构。以水工程建设与安全运行、水工程新材料与新工艺、智慧水工程与数字孪生、水环境与水生态工程、城市水系统与治理为主要研究方向，并承担研究生培养、科学研究和管理咨询等方面的职能。

根据国家在“长江经济带”和“长江大保护”建设方面的重大需求，武汉大学水工程科学研究院面向全球，诚邀水利工程、土木工程、资源环境、测绘遥感、计算机科学与技术等学科领域的精英，参与组建核心团队。